El propósito principal de esta revisión es promover la discusión acerca del impacto que ha tenido el uso de las filogenias y el método comparativo en diversos campos de la biología moderna. La combinación entre el método comparativo y las filogenias es usada para (1) inferir los estados ancestrales de patrones morfológicos, ecológicos y conductuales para sugerir patrones evolutivos de cambio, (2) desarrollar hipótesis acerca de los procesos de cambio evolutivo, (3) probar asociación evolutiva entre dos o más caracteres que pudiesen sugerir procesos coevolutivos y de limitantes evolutivas. y (4) corregir problemas de independencia de datos correspondientes a especies (e.g., problemas estadísticos en análisis interespec(ficos que no son de naturaleza evolutiva). Por otro lado, la manera de evaluar hipótesis de adaptación ha cambiado dramáticamente en las últimas dos décadas. A pesar de que los avances en técnicas moleculares y de reconstrucción filogenética que permiten evaluar hipótesis de adaptación de una manera robusta, se siguen invocando argumentos adaptacionistas o usando aproximaciones experimentales para explicar correlaciones evolutivas. Mi intención en este artículo es enfatizar el uso de filogenias en la interpretación de hipótesis evolutivas y de adaptación, hipótesis de origen y transición de caracteres, correlación evolutiva entre dos o más caracteres, coevolución, diversificación filogenética, y el papel de las filogenias y el método comparativo en la identificación de especies en riesgo y su conservación. Para ello, reviso ocho ejemplos que incluyen casos de estudio sobre la evolución: (1) de plantas dioicas con semillas dispersadas por animales, (2) del gregarismo en larvas de mariposas con una coloración aposemática, (3) de las alas reducidas entre macrolepidópteros de bosques estables, (4) del robo de néctar entre colibríes con tomios aserrados, (5) de flores con mecanismos de defensa en contra de" aprovechados", (6) de los cambios de hospedero por la química de las plantas, (7) de la nectarivoria entre colibríes y su radiación adaptativa, y (8) de la tendencia hacia la generalización de hospederos por tordos parásitos de cría, los primeros los sistemas son usados principalmente para explicar los problemas metodológicos en el uso de filogenias y los seis restantes conforman una revisión conceptual del uso de filogenias en la evaluación de hipótesis de adaptación y en biología/ecología evolutiva. Por último, reviso como las filogenias se pueden utilizar para establecer prioridades en la conservación de especies e identificación de procesos biológicos que están determinando distintos niveles de "susceptibilidad" a la extinción por cuestiones de origen filogenético.

Ornelas, J.F. (1998). Filogenias y Método Comparativo: Identificación y Evaluación de Hipótesis evolutivas y Establecimiento de Criterios para conservar especies en riesgo. Acta Zoológica Mexicana, 74, pp. 5-42.