En México el chile tiene gran importancia económica, ya que se cultiva en la mayor parte del país y a lo largo del año se encuentra en el mercado. Este cultivo representa el 8.6% de la exportación total de productos hortícolas y su producción asciende a 970,000 toneladas. Sin embargo, existen escasos estudios sobre su variación genómica, no obstante, que proporcionan información significativa para llevar a cabo un mejoramiento eficiente o una predicción confiable acerca del potencial genético de estas especies. En la presente investigación se estudiaron 45 colectas de Capsicum annuum y C. chinense de 12 estados de la República Mexicana, correspondientes a los tipos cora, serrano, bo Iita, árbol, piquín, ancho y habanero, además de seis cruzas realizadas en invernadero, con el objetivo de determinar el número cromósomico y el contenido de ADN. Los resultados demostraron uniformidad en el número cromosómico y variación inversa del contenido de ADN nuclear con respecto a la latitud, pero sin relación aparente con el tipo o la especie de chile. El número de cromosomas fue 2n=24: y el contenido de ADN de 9.17 a 10.02 picogramos. La mayor cantidad de ADN se observó en el tipo cora y la menor en el ancho. En un análisis de agrupamiento el serrano se encontró cercano al cora, y el árbol a las cruzas, lo cual se debe a que intervino como progenitor en la mayoría de éstas.