Agroecológicamente se evalúan los riesgos teóricos de la liberación de cultivos transgénicos que actualmente se han producido por parte de las corporaciones transnacionales, cuyo enfoque actual es el desarrollo de cultivos tolerantes a herbicidas, así como en cultivos resistentes a plagas y enfermedades. Según la industria los cultivos transgénicos insertados con genes de Bacillus luringiensis prometen reemplazar el uso de insecticidas sintéticos y el control de plagas de insectos. Así como los insertados en el gene que confiere resistencia a herbicidas permitirá el uso de un solo tipo de principio activo que controla maleza. Sin embargo, basándose en experiencias con pesticidas se considera que el control de plagas por medio de cultivos transgénicos pemitiría el desarrollo de resistencia múltiple o cruzada en insectos, así mismo se sabe de cultivos que se convierten en maleza cuando no se controlan. Para evitar desequilibrios agroecológicos del uso de plantas transgénicas, se analiza y recomienda la realización de estudios sobre los impactos en otros organismos, en los cultivos resistentes a enfermedades, así como del comportamiento de los cultivos transgénicos liberados. Las recomendaciones sugeridas para la liberación de plantas transgénicas se refieren a la regulación de las mismas como si fueran pesticidas, el uso de etiquetado de productos alimenticios, aumentan el financiamiento para tecnologías alternativas, la Biotecnología debe proporcionar opciones a las necesidades de los pequeños agricultores y finalmente se recomienda incrementar las medidas en la agricultura que promuevan la sostenibilidad.