El golpe de Estado producido en 1976 abrió una de las etapas más sombrías para el campo académico y científico argentino. Las universidades nacionales fueron intervenidas militarmente y se desplegaron acciones de terror material y simbólico: desmantelamiento de centros de investigación, disminución de la matrícula universitaria y reducción del plantel docente, persecución ideológica, cesantías masivas. El CONICET sufrió procesos de depuración-expulsión de investigadores y de concentración de cargos directivos en manos de un reducido grupo de agentes. Intentaremos comprender las orientaciones de esta compleja política científico-universitaria, poniendo el foco en un aspecto escasamente explorado: la transferencia de recursos de la Finalidad Ciencia y Técnica del Presupuesto General de la Administración Nacional desde las universidades hacia el CONICET. Nos proponemos analizar cómo en este periodo el Consejo creció en términos estructurales, de recursos humanos y materiales y, simultáneamente, las universidades nacionales fueron despojadas de su actividad de investigación.