Las investigaciones que estudian la diversidad genética de las poblaciones usando fragmentos de ADN amplificados al azar (RAPD) han dado poca importancia a la variabilidad genética intrapoblacional, por lo cual existen pocos estimadores directos de esta cualidad. En este trabajo proponemos un'Indice de Variabilidad Genética basado en la proporción dela presencial ausencia de las bandas amplificadas sobre el número total de bandas por iniciador. Este estimador se aplicó a poblaciones contrastantes de especies muy diferentes: maíz, tomate de cáscara y el hongo que produce la antracnosis en el aguacate Colletotrichum gloeosporioides. Los resultados muestran mayor variabilidad genética en las dos poblaciones del hongo estudiadas (0.41 y 0.44). Las poblaciones de polinización abierta de maíz y autoincompatibles de tomate tuvieron valores similares (0.37 y 0.38) Y de la misma forma se comportaron las poblaciones de maíz de polinización abierta y de tomate silvestre autofértil (0.26 y 0.28) respectivamente. En cuanto al Porcentaj e de Bandas Polimórficas se registraron resultados irregulares. Lo anterior demuestra consistencia entre los resultados obtenidos y los esperados de acuerdo a las características de las poblaciones en estudio, por lo cual se recomienda eluso de este estimador en estudiosque involucren la determinación de la diversidad genética.